Lyse vart grunnlagt i 1146, som dotterkloster av Fountains Abbey i Yorkshire i England. Biskop Sigurd av Bergen stod i brodden for dette tiltaket og gav midlar til klosteret. Det var nær kontakt med moderklosteret i den første tida, og fram til 1200 har det truleg vore engelske abbedar i Lyse. I seinmellomalderen vart Lyse underlagt Sorø kloster i Danmark; tidlegare hadde det lege under Alvastra i Sverige eitt år. Lyse – eitt av dei rikaste kloster i landet – vart nedlagd mellom 1537 og 41 og kom inn under krona.
Bygningane var dels oppførte i kleberstein frå eit steinbrot nordaust for klosteranlegget, i Lysedalen. Då klosteret vart rive, vart det ført kleberstein frå Lyse til bygging av Rosenkrantztårnet i Bergen og Kronborg slott i Danmark.